马利坦歪曲和利用亚里士多德关于“存在之作为存在”的概念，认为“严格意义上的形而上学”就是“关于存在之作为存在的科学”。[2]他在这里所说的存在并不是具体事物的存在，而是一种抽象的、超感性的存在。他指出，形而上学的对象“是存在本身”，“而不是包含在或体现在感性本质中的存在……是一种与感性本质割离和分割开来了的存在，是看作本身并作为纯理智价值而分离出来的存在”。[3]客观的物质只是一种“非存在”，是一种想成为存在的渴求。他认为，上帝是一种最高的存在。
在认识论上，马利坦否定认识对实践的依赖性，认为认识真理的理性归根到底是“为上帝所形成、所训练”的。[4]他强调“能动的理智”在认识过程具有决定性的作用，而“能动的理智”恰恰是一种对上帝的直觉，或者说是“和神相见”。人不仅要虔诚地信仰上帝，而且还要获得上帝的宠爱才能获得这种直觉。总之，在认识论上，马利坦企图使理性服从信仰，使科学服从宗教，把上帝看成是认识活动的最终根源。