公元589年正月，陈叔宝在朝中大会群臣，举行盛大新年庆典。与此同时，隋将韩擒虎渡过了采石，贺若统兵过江，直取建康。没过几天，隋军便打到钟山。此时，建康尚有十余万兵马，如果奋力一战，仍有可能打退隋军进攻。但此时的陈叔宝已经六神无主，日夜啼哭，把朝中大事都委托施文庆办理。在这国难当头之时，施文庆居然还嫉贤妒能，怕将领们取胜后功劳大过他，便向陈叔宝进谗言说：“这些人平时就不听你的，当此危机之时，怎么可以相信呢！”于是，陈叔宝对于一些将领请战的要求，都搁置不理，致使战机一次次失去。
待隋军布置完毕，南陈战机已失。陈叔宝突然发了神经，命骠骑将军萧摩诃率军迎战。萧摩诃无奈，只得率兵出城，与隋军对峙。在这个时候，无耻的陈叔宝竟私通萧摩诃的妻子。萧摩诃闻听此事，万念俱灰，很快战败被俘。大将任忠返城，把前线情形奏报，并表示无力再战。陈叔宝不甘亡国，出金帛要任忠募集勇士再战。任忠见大势已去，决心降隋，便建议陈叔宝出建康，到上流去。陈叔宝不疑，命他准备随行船只兵马。任忠出城便向韩擒虎投降，随即引隋军奔袭朱雀门。韩擒虎兵不血刃，拿下了建康城。
陈叔宝带着心爱的张贵妃、孔贵妃，跑到景阳殿后的一口枯井旁，跳到井中藏了起来。后来被隋军找到，送往长安，南陈就此灭亡。隋文帝杨坚见陈叔宝昏庸无能，胸无大志，只图享乐，就没有杀他，赐给他住宅，叫他居住在长安。后来，又将他迁往洛阳。