一、一些常委委员、地方、部门、专家和社会公众提出，草案应当对间谍行为的定义作出规定，以便于准确理解和执行。法律委员会经研究，建议参照现行国家安全法对危害国家安全行为的表述和刑法有关规定，增加规定“本法所称间谍行为，是指境外机构、组织、个人实施或者指使、资助他人实施的，或者境内机构、组织、个人与境外机构、组织、个人相勾结实施的下列行为：（一）间谍组织及其代理人实施的危害中华人民共和国国家安全的活动；（二）参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的；（三）为间谍组织招募人员的；（四）窃取、刺探、收买或者非法提供国家秘密或者情报的；（五）为敌人指示攻击目标的；（六）进行其他间谍活动的。”（草案二次审议稿第三十八条）
二、一些常委委员、地方、部门、专家和社会公众提出，反间谍法既要有利于专门机关行使职权，也要注意规范权力运行，建议充实草案中规范权力行使和保障公民、组织合法权益的规定。法律委员会经研究，建议对草案作如下补充：一是，在总则中增加一条“反间谍工作应当依法进行，尊重和保障人权，保障公民和组织的合法权益”。二是，在草案关于国家安全机关因反间谍工作需要，查验和查封、扣押相关设备、设施的程序中，增加规定“在危害国家安全的情形消除后，国家安全机关应当及时解除查封、扣押”。三是，在草案关于国家安全机关及其工作人员行使职权的要求中，增加规定“国家安全机关及其工作人员依法履行反间谍工作职责获取的组织和个人的信息、材料，只能用于反间谍工作。对属于国家秘密、商业秘密和个人隐私的，应当保密”。四是，在草案关于处理公民和组织检举、控告的规定中，增加规定有关部门应当“将处理结果及时告知检举人、控告人”。（草案二次审议稿第五条、第十三条第二款、第十七条第二款、第二十六条第一款）