当夜23 时，中央军委将炮击金门的计划通知叶飞。当时福建正是刮台风的时候，叶飞正在带领部队和机关帮助农民抢收粮食，突然通知他回福州接电话，而且明确说到作战室去接北京来的保密电话。叶飞赶到作战室，电话是总参谋部作战部部长王尚荣打来的，王尚荣说，中央军委指定由叶飞负责炮击金门的任务。当时，福州军区新任司令员是韩先楚，已经接替了叶飞的工作，但叶飞是福建省委书记，兼任福州军区第一政委。
叶飞接受任务后，迅速召开省委会议，安排省委的工作，并立即组织前线指挥所，参战炮兵于24 日晚全部进入射击位置，叶飞还命令福建境内的所有高炮部队，担负掩护和警戒任务。
7 月19 日，叶飞率福州军区前线指挥部急速驰抵厦门。翌日上午，他在厦门召开了作战会议，确定了具体的作战部署。会议结束后，各部队立即向集结地域开进，秘密展开，迅速做好战斗准备。
8 月6 日，美国总统艾森豪威尔得到确切情报：中国大陆方面准备炮击金门。同一天，台湾当局宣布：台澎金马地区进入紧急备战状态。台海局势陡然紧张起来。
8 月21 日下午3 点钟，叶飞奉命急飞北戴河，向毛泽东详细汇报炮击金门的炮兵数量、部署和实施突然猛袭的打法。听完汇报，毛泽东突然问叶飞：“你用这么多的炮打，会不会把美国人打死呢？”那时，美国顾问一直配备到国民党部队的营一级。叶飞立即回答说：“哎呀，那是打得到的啊！”