汉武帝大怒，他认为司马迁是把罪名推到李广利头上，而李广利又是他最宠爱的妃子的哥哥，所以司马迁是在讽刺他，于是斥责司马迁：“你为那种叛国的人辩护，可见你也是他一伙的，应该抓起来！”
司马迁为朋友辩护，结果自己被抓进了大牢，汉武帝正在气头上，说什么也不肯饶了司马迁，给司马迁判了腐刑。腐刑就是阉割，对于男人来说这是最大的耻辱，很多人宁愿死也不愿受这种刑罚。司马迁受刑后也想到了死，但他想到《史记》还没写完，还不能死，于是忍辱负重地活了下来。
《史记》书影
当时经过多年战乱，周朝的学说衰落了，而秦朝根本不用古文，把《诗》《书》都烧掉了，所以当时留下来的古代文献资料很少。汉朝兴起后，萧何把律法整理了出来，韩信把兵法整理了出来，张苍制定出了章程，叔孙通恢复了礼仪，于是逐渐恢复了文化，那些当年散失了的书籍又慢慢地流传了出来。曹参推荐盖公讲解黄老学说，贾谊和晁错阐述了申不害和韩非等人的法家理论，公孙弘靠研究儒家思想而得到富贵，100多年过去了，从前的历史资料慢慢集中了起来。