1995年3月，一封检举信出现在中纪委办公桌上。5月份，马静芬的弟弟和妹妹被河南警方带走。8月份，褚时健和马静芬的女儿也牵涉到此案中。
褚时健当时正好从美国出差回来，按照原计划在香港停留，突然得知家中出事后，香港的朋友劝他暂时别回大陆，先避避风头。可他坚持要回去将所有的事情交代清楚，便马不停蹄地赶回了云南。
1996年，因为身陷各种繁杂的调查之中，褚时健已无力处理厂里密集的工作。他在回乡散心时被警方扣留，送回家中监视居住。1997年6月，他被正式移送司法机关。1998年12月，云南省检察院以贪污罪名对他提起诉讼。
他绝望到了极点，过往的荣耀在眼前浮现，他说：“当时确实想不通，怎么就到了今天？”
看守所里潮湿闷热的环境让褚时健备受折磨，身体上的痛苦还好说，最可怕的是精神上的煎熬。痛苦煎熬中，他反倒打定主意，顺其自然就好了。很快，一审判决下来了——无期徒刑。然而这样的结果没有打垮他，他很快平复了心情，放弃上诉，开始服刑。