开庆元年（1259年），蒙古大汗蒙哥（元宪宗，成吉思汗之孙，拖雷长子）进攻合州(今四川合川县)，遭到宋朝知州王坚的顽强抵抗，使蒙哥久攻不克，蒙哥中箭身亡。但是创建奇功的知州王坚不仅没有得到重用，反而因怕他功大压相而遭到排斥，不久在忧愤中死去。蒙古入侵，丁大全由于隐瞒军情，被罢免了宰相职务。在众人的论劾之下，赵昀将其流放海岛，途中被押送官毕迁挤落水中淹死。
同时，蒙古军队在忽必烈的率领下，围攻鄂州。赵昀命贾似道以右丞相领兵救援，出兵汉阳。贾似道置国家利益于不顾，擅自派使者求和，向忽必烈要求称臣纳款。恰在这时，蒙哥战死的消息传来，忽必烈急于回去争夺汗位，便答应了贾似道的要求，以南宋称臣，割让长江以北之地，纳岁币银20万两、绢20万匹的条件议和，忽必烈不战取胜。贾似道回去之后，对赵昀和朝廷隐瞒了割地赔款求和的真相，上奏赵昀邀功请赏，谎报他取得了胜利。昏庸的赵昀加封他辅佐国君的少师、卫国公。
蒙古退兵，南宋的朝廷并没有停止灭亡的脚步，阎贵妃于景定元年（1260年）病逝。但宦官董宋臣还活着，虽然赵昀于景定元年将他流放到安吉州编管，但对他始终眷遇有加，董宋臣比赵昀早死几个月，赵昀特赠其为节度使，以示优宠。