最初，袁克定准备成立一支模范军，预定先组建两个模范师，中级军官尽量用留学生，下级军官则用军官生和速成生。但是袁世凯不愿意目标太大，从而刺激到北洋系旧部，所以把模范军缩小为模范团，然后又专意委派北洋系中颇有威信的“北洋三杰”中的“龙”王士珍来担任筹备处处长。袁世凯自兼团长，以曾任赤峰镇守使的陈光远为团副，王士珍、袁克定、张敬尧、陈光远为办事员。模范团成立以后，团址设在西城旃檀寺，本部则设在北海。袁世凯当初是靠北洋系起家，如今天下还没有平定就忙着摆脱北洋系，无疑让北洋系将领顿生“飞鸟未尽良弓先藏，狡兔未死走狗先烹”的感觉，于是，北洋将领纷纷转头去亲近段祺瑞。有了北洋系在背后撑腰，段祺瑞的腰杆硬了、脊梁直了，面对袁世凯的态度更加强硬。
1915年1月间，中国向日本发出照会，要求日本撤出驻留在山东的部队，但日方未予理会。1月18日，日方以交还青岛以及自山东撤兵为由，附列交换条件等，向袁世凯要求秘密谈判，而日方附列的条件，就是后来所谓的“二十一条”。“二十一条”共分为五号：第一号要求继承德国在山东的一切权利并扩大之；第二号要求扩大在南满、东蒙的各种利权；第三号企图控制汉冶萍公司；第四号要求中国沿海港湾岛屿概不租借或让与他国；第五号要求中国中央政府聘用日本人为顾问，等等。这份条约一旦签署，那清末的所有条约就都成了浮云，袁世凯也深知其中利害，但此时革命军盯着他，如果日本再开战，别说是皇帝，就是这个总统也当不下去。