城池大门已破，但战斗却还没有结束，残余在城内的日军非但没有放弃，反而有条不紊地和明军开始了巷战，颇有寸土必争的武士道精神，就连身经百战的李如松也不得不承认日军严明的军纪和战斗到底的军人素质。面对这群准备奋战到死的愣头青敌人，若要减少明军牺牲就只能痛下死手，李如松最后下令直接放火烧城，负隅顽抗的日军士兵便在一片熊熊燃烧的烈焰中纷纷亡命，尸骨无存，只剩下为首的小西行长和些许幸存的将士还在仅存的据点固守。自古兵家讲究“穷寇莫追”，为了防止日军做困兽之斗，让本已损失不小的明军再损兵折将，李如松命明军开了一条活口，放小西行长一众退走逃命，日军溃逃过程中阵脚大乱，在渡江之时又有不少士兵失足溺水而死，但小西行长最终逃走保住了性命，这也是李如松在平壤战役中最大的遗憾。
日军从平壤全部消失。然而昔日宏伟壮观的平壤城内，却已是积血成泊，灰烬成片，尸骨腥臭之气传至十里外仍似不绝，未散的硝烟间依稀可见疮痍满满、触目惊心，战后的整个城池在隆冬刺骨的寒风中定格成一组悲壮的图景，惨烈异常，令人胆寒。