此外，加西亚是一步步爬上来的，不像马格赛赛那样坐直升机青云直上。加西亚完成了马格赛赛留下的最后9个月的任期。在1957年11月12日举行的大选中，民族主义党的加西亚与何塞·劳雷尔搭档竞选，他们的主要竞争对手是自由党的何塞·尤洛和迪奥斯达多·马卡帕加尔。加西亚在选举中获胜，但他的副总统竞选伙伴劳雷尔却输给了自由党副总统候选人马卡帕加尔。菲律宾历史上第一次出现正副总统来自不同政党的局面。
任总统期间，加西亚提出“菲律宾人第一”的政策，主张在任何领域尤其在经济领域首先给菲律宾人优先的待遇，为在菲律宾实行自由、廉洁、诚实和有秩序的选举作出成绩，被誉为“民主战士”。
加西亚政府的经济政策强调“菲律宾优先”，鼓励人们购买国货，并控制外汇交易，发展民族工业，他的这一政策受到人们的好评。尽管加西亚总统本人廉洁节俭，但由于刻意控制外汇买卖，他领导的政府被指控贪污腐败成风，尤其是那些官方任命的政府公司老板利用职权牟取私利。自由党在大选中以此作为攻击加西亚总统的政治资本。在1961年竞选连任总统时，加西亚被政治对手马卡帕加尔副总统击败。1971年6月11日当选制宪议会主席，3天后心脏病发作去世，享年74岁。