至此，撤藩大业基本完成。为消除隐患，康熙皇帝于平定云南之后，令将分布在福建、浙江、广东等地的耿精忠、尚之信属下旗员撤回京师，重新安置。一般均革职入旗，以原品随旗上朝，世职不准承袭，其中个别“堪用之人”,遇到旗下有缺时酌情补用，马九玉在耿精忠反叛时曾哭劝再三，归正后又对清廷尽忠效力，故以原官解任来京。
平叛、撤藩后，康熙皇帝将选任官吏大权收归中央；划一军队编制，在福州、广州、荆州等地设八旗兵驻防，派将军、副都统驻扎，一切听中央统一调遣；将“三逆”财产没收归官，充作军饷。同时，清除滇、粤、闽等处地方积弊。
“三藩”之乱历经八年，至此终告平定，年轻的康熙皇帝经受住了一次严峻的考验。
第三章 剿抚并行，收复台湾 以抚为主
顺治十八年(1661)十二月，郑成功率军攻占台湾，结束了荷兰侵略者在台湾长达三十八年的统治。从此，郑氏政权以台湾为根据地，以金门、厦门两岛为支点，继续与清廷抗争，使清政府在东南沿海地区的政局很不稳定。